Aktualizacja obejmuje również m.in. zmiany w Działaniu 1.2 Wzmocnienie potencjału kadrowego nauki, gdzie, w związku z planowanym umieszczeniem na Liście projektów indywidualnych dwóch dodatkowych projektów Fundacji na rzecz Nauki Polskiej, uwzględniono dwa nowe obszary tematyczne. Ponadto, dokonano realokacji z Działania 1.3 Wsparcie projektów B+R na rzecz przedsiębiorców realizowanych przez jednostki naukowe do Działania 1.2.

W Poddziałaniu 4.5.1 Wsparcie inwestycji w sektorze produkcyjnym dostosowano wymaganą liczbę nowych miejsc pracy do zmienionych kryteriów wyboru projektów, tj. zmniejszono z 200 do 150.

W Działaniu 8.3 Przeciwdziałanie wykluczeniu cyfrowemu - eInclusion, zmieniono beneficjenta projektu systemowego z Władzy Wdrażającej Programy Europejskie na Urząd Komunikacji Elektronicznej. Dodatkowo, w dokumencie uwzględniona została nowa procedura odwoławcza mająca  zastosowanie do wszystkich Działań Programu Innowacyjna Gospodarka realizowanych w trybie konkursowym, dla których nabory zostaną ogłoszone po 1 stycznia 2010 r.