Zanim w listopadzie 2004 roku po raz pierwszy zasiadł w gabinecie przewodniczącego Komisji, Barroso był przez dwa lata premierem Portugalii (2002-2004). Portugalczyk na czele Komisji zastąpił Włocha, Romano Prodiego.

"To właściwy rezultat dla Europy", powiedział przewodniczący Jerzy Buzek po rozstrzygającym głosowaniu w Parlamencie. Buzek pogratulował zwycięzcy i dodał, iż: "nie tkwimy dłużej w politycznej próżni, a przewodniczący Barroso może zacząć budować na swoim szczegółowym programie i kompletować zespół komisarzy. Parlament Europejski udowodnił, że ma zęby."

W przemówieniu poprzedzającym głosowanie nad kandydaturą, Barroso przedstawił główne punkty swojego programu, który koncentruje się na ożywieniu gospodarczym w połączeniu gospodarką rynkową wrażliwą na sprawy socjalne. Przedłożył posłom listę priorytetów, które chciałby zrealizować, gdyby przypadła mu w udziale kolejna kadencja. "Jestem głęboko zaangażowany w zwalczanie dumpingu socjalnego", powiedział, zapowiadając zmiany w dyrektywie w sprawie czasu pracy.

Obiecał też środki, które posłużą do wyeliminowania różnic w wynagradzaniu kobiet i mężczyzn. Barroso zaproponował również, aby budżet Unii Europejskiej ewoluował "w kierunku podejścia opartego na solidarności". Podkreślił, iż "Unia Europejska musi zyskać bardziej przejrzysty i efektywny sposób finansowania swoich działań".

Barroso wezwał również do kultywowania "specjalnych relacji" między Komisją a Parlamentem.

Zanim jego nazwisko Barroso zostało przedłożone Parlamentowi, za jego kandydaturą na stanowisko szefa Komisji Europejskiej od dawna opowiadała się centroprawicowa Europejska Partia Ludowa.

On sam podkreślał jednak w Parlamencie, że chciałby wykroczyć poza partyjne podziały i budować konsensus z innymi partiami głównego nurtu proeuropejskiego. "Zdecydowany jestem zadbać o to, by różnorodność poglądów politycznych w Europie znalazła odbicie w Kolegium Komisarzy i przy podziale najważniejszych stanowisk", deklarował Barros:."jako przewodniczący Komisji, mogę powiedzieć, iż moją partią jest Europa".

Kandydat obiecał również przeprowadzenie zmian w strukturze Komisji. Wyznaczone zostaną nowe urzędy komisarzy: sprawiedliwości, praw podstawowych i swobód obywatelskich, spraw wewnętrznych i migracji, wyodrębnione zostanie również stanowisko komisarza do spraw przeciwdziałania zmianom klimatu. Nowością będzie też stanowisko doradcy naukowego w dziedzinie badań i innowacji.

Teraz państwa członkowskie w porozumieniu z przewodniczącym Komisji Europejskiej będą desygnowały poszczególnych komisarzy. Gdy zostanie ogłoszona kompletna lista nazwisk rozpoczną się w Parlamencie przesłuchania kandydatów na szefów unijnych resortów. Posłowie ocenią ich kompetencje i doświadczenie oraz upewnią się, czy przyszli komisarze cieszą się niezależnością potrzebną do sprawowania urzędu.

Kiedy wszyscy kandydaci zdobędą aprobatę deputowanych, Parlament zagłosuje nad wotum zaufania dla całego Kolegium Komisarzy.