W nowej wersji Szczegółowego opisu priorytetów POIiŚ (wersja 3.2) wprowadzono istotne zmiany w następującym zakresie:

• w sektorze kultury przesunięto kwotę 23,6 mln euro z Działania 11.2 Rozwój oraz poprawa stanu infrastruktury kultury na Działanie 11.3 Infrastruktura szkolnictwa artystycznego. Zmiana dostosowuje alokację do zmian dokonanych w ramach aktualizacji listy projektów indywidualnych w lipcu 2009 r.;
• wprowadzono możliwość wypłaty zaliczek w Działaniach 4.2-4.6 (wsparcie dla przedsiębiorców w zakresie ochrony środowiska);
• zaktualizowano zapisy dotyczące pomocy publicznej w związku z decyzjami Komisji Europejskiej w odniesieniu do sektora energetyki (Działanie 9.2 Efektywna dystrybucja energii, 9.5 Wywarzanie biopaliw ze źródeł odnawialnych, 9.6 Sieci ułatwiające odbiór energii ze źródeł odnawialnych, 10.3 Rozwój przemysłu dla odnawialnych źródeł energii);
• w związku z negatywnym stanowiskiem Komisji Europejskiej, wykreślono możliwość wsparcia dla działań związanych z logistyką w ramach Działania 8.3 Rozwój inteligentnych systemów transportu, odpowiednio dostosowując katalog beneficjentów i rezygnując z możliwości udzielania pomocy publicznej w ramach działania;
• zmieniono zapisy zał. 2 w zakresie procedury odwoławczej, w związku ze zmianą wytycznych horyzontalnych, wprowadzając możliwość odwołań dla projektów znajdujących się na liście rezerwowej;
• w związku ze zmianami organizacyjnymi w MRR, wprowadzono informację nt. Departamentu Wsparcia Programów Infrastrukturalnych;
• w Działaniu 2.1 wprowadzono nowy typ projektu dotyczący prac przygotowawczych dla projektów indywidualnych dotyczących termicznego unieszkodliwiania odpadów, umożliwiając finansowanie i refundację środków związanych z dokumentacją przed zakończeniem prac przygotowawczych dla danego projektu i umożliwiając finansowanie przygotowania inwestycji w tym zakresie na potrzeby kolejnej perspektywy finansowej;
• w Działaniu 3.1 poprawiono zapis dotyczący poziomu dofinansowania projektów przeciwpowodziowych realizowanych przez JST realizujące zadania zlecone z zakresu administracji rządowej. Wkład własny dla takich projektów pokrywany jest ze środków budżetu państwa. W ramach działania zaktualizowano także zapisy dotyczące linii demarkacyjnej w związku z aktualizacją listy projektów indywidualnych w lipcu 2009 r. w odniesieniu do podziału projektu dla Żuław;
• zaktualizowano zapisy dotyczące linii demarkacyjnej zgodnie z uchwałami Komitetu Koordynującego NSRO w odniesieniu do Działania 3.2 (możliwość wsparcia Państwowej Straży Pożarnej w Regionalnych Programach) oraz 4.1 (umożliwienie wsparcia systemów zarządzania środowiskowego dla MŚP w tych województwach, gdzie takiego wsparcia nie przewidziano w Regionalnych Programach);
• ograniczono katalog beneficjentów w sektorze transportu. W Działaniu 6.3 wykreślono Urząd Lotnictwa Cywilnego, a w działaniu 7.1 Telekomunikację Kolejową Sp. z o.o. Wybór projektów w tych działaniach odbywa się w oparciu o tryb indywidualny, a wskazani beneficjenci  nie realizują żadnego projektu w ramach ww. działań. W ramach Działania 8.3 rozwój inteligentnych systemów transportu wykreślono zgodnie z propozycją ministra infrastruktury jednostki badawczo-rozwojowe, koncentrując wsparcie na samorządach i GDDKiA;
• w Działaniu 6.3 obniżono poziom dofinansowania dla Polskiej Agencji Żeglugi Powietrznej ze 100 proc. na 85 proc. PAŻP nie jest państwową jednostką budżetową i zgodnie z zasadami wsparcia powinna zapewnić wkład własny ze środków innych niż dotacja rozwojowa;
• zgodnie z propozycją ministra zdrowia w Działaniu 12.1 Rozwój systemu ratownictwa medycznego wykluczono możliwość wsparcia dla planowanych zespołów ratownictwa medycznego, koncentrując wsparcie na zespołach istniejących. Większość alokacji w ramach Działania jest już rozdysponowana na starych zasadach w trwających konkursach.

Pozostałe zmiany mają charakter aktualizujący i doprecyzowujący treść dokumentu. Ponadto, wszystkie wprowadzone w porównaniu z poprzednią wersją 3.1 z 13 maja 2009 r. zmiany zostały wyszczególnione w dodatkowo zamieszczonej wersji dokumentu w trybie "rejestruj zmiany".