Zgodnie z Ustawą z dnia 26 lipca 1991r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz.U. z 2000r. Nr 14, poz. 176 z późn.zm) Wolne od podatku dochodowego są: dochody uzyskane przez podatnika , jeżeli pochodzą od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych ze środków bezzwrotnej pomocy, w tym ze środków programów ramowych badań, rozwoju technicznego i prezentacji Unii Europejskiej i z programów NATO

Art. 21 ust. 1 pkt 46

"Wolne od podatku dochodowego są: dochody uzyskane przez podatnika, jeżeli:

1. pochodzą od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych ze środków bezzwrotnej pomocy, w tym ze środków programów ramowych badań, rozwoju technicznego i prezentacji Unii Europejskiej i z programów NATO, przyznanych na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów zawartych z tymi państwami, organizacjami lub instytucjami przez Radę Ministrów, właściwego ministra lub agencje rządowe, w tym również w przypadkach, gdy przekazanie tych środków jest dokonywane za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do rozdzielania środków bezzwrotnej pomocy oraz
2. podatnik bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy; zwolnienie nie ma zastosowania do dochodów osób fizycznych, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu zleca - bez względu na rodzaj umowy - wykonanie określonych czynności w związku z realizowanym przez niego programem."

W związku z pojawiającymi się rozbieżnościami interpretacyjnymi w zakresie stosowania art. 21 ust. 1 pkt 46 updf przez poszczególne urzędy skarbowe, Minister Nauki wystosował 12 lutego 2009r. pismo do Ministra Finansów w sprawie interpretacji prawa podatkowego w zakresie wykładni tego przepisu. Poniżej znajdą Państwo treść tego pisma oraz odpowiedź Ministra Finansów:

• PISMO MINISTRA NAUKI I SZKOLNICTWA WYŻSZEGO DO MINISTRA FINANSÓW Z 12 LUTEGO 2009r.
• PISMO MINISTRA FINANSÓW DO MINISTRA NAUKI I SZKOLNICTWA WYŻSZEGO Z 27 LUTEGO 2009r.
• STANOWISKO MINISTRA FINANSÓW Z 2003r.

Minister Finansów powołał się w swojej odpowiedzi na pismo Ministra Finansów z 27 czerwca 2003r. wystosowane do urzędów skarbowych, w którym zawarte jest wyjaśnienie dotyczące zakresu zwolnienia przedmiotowego określonego w ustawie:

"... Z przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych wynika, iż omawiane zwolnienie adresowane jest jedynie do podatników bezpośrednio realizujących cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy.

Z uwagi na analogiczne zwolnienie przedmiotowe zawarte w ustawie o podatku dochodowym od osób prawnych bywa, że zakres zwolnienia w ustawie o podatku dochodowym od osób fizycznych jest niesłusznie zawężany. Uważa się, bowiem, że w sytuacji, gdy dochody osoby fizycznej pochodzą ze środków bezzwrotnej pomocy otrzymanej przez osobę prawną, korzystającą ze zwolnienia od podatku dochodowego od osób prawnych (na podstawie Art. 17 ust. 1 pkt 23 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych), to dochody te nie podlegają zwolnieniu, z uwagi na postanowienia lit. b w Art. 21 w ust. 1 w pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.

Jednakże zarówno dochody pracowników, uzyskiwane na podstawie umowy o pracę, jak i podatników bezpośrednio realizujących cel programu w ramach innej umowy zawartej z osobą prawną (na przykład umowy zlecenia), która pierwsza otrzymała bezzwrotną pomoc zwolnioną na podstawie ww. przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, korzystają ze zwolnienia określonego w Art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych pod warunkiem, ze osoby te realizują cel programu.

Natomiast dochody podatników, którym podatnik (osoba fizyczna) bezpośrednio realizujący cel programu (przykładowo wykonujący umowę zleceniobiorca, o której wyżej mowa, w tym w ramach prowadzonej pozarolniczej działalności gospodarczej) zlecił wykonanie określonych czynności (w ramach umowy o pracę lub umowy cywilnoprawnej), zostały wyłączone ze zwolnienia, stosownie do postanowień Art. 21 ust. 1 pkt 46 ww. wymienionej ustawy."